Bachs Gesamtwerk überstrahlt in seiner geistigen Komplexität, seiner formalen Unvergleichlichkeit und musikalischen Vielseitigkeit die Jahrhunderte. An ihm müssen sich alle nachfolgenden Komponisten messen lassen; er hat die Sprache der Musik auf eine universale Höhe gehoben, deren überpersönliche Gültigkeit zeitlos und über alle weiteren künstlerischen und gesellschaftlichen Entwicklungen hinweg im tiefsten Wortverständnis 'begreifbar' bleibt. Bachs geistliche Werke sind im besten Sinne Auslegungen biblisch-göttlicher Erlautungen, also tiefe glaubensgebundene musikalische Predigten; in seinem rein instrumentalen Schaffen erreicht er eine höchste intellektuelle Verdichtung, die jedoch wegen ihrer klanglich sinnbezogenen Eindringlichkeit direkt in die Seele ihrer Hörer dringt.

Seine 'Toccata und Fuge in d-Moll' ist sicherlich das bekannteste Orgelwerk der gesamten europäischen Musikgeschichte. Dabei hat es immer wieder auch musikwissenschaftliche Einwendungen gegen die Urheberschaft Bachs gegeben: Der Komponist habe möglicherweise ein Werk seines Schülers Johann Peter Kellner (1702-1772) abgeschrieben oder bearbeitet.

Begründet werden diese Zweifel mit der für Bachsche Werke untypischen einfachen Harmonik, den gehäuften Oktav- und Quintparallelen und der etwas paraphrasenhaften formalen Gliederung des Gesamtwerkes. Die musikwissenschaftliche Forschung räumt allerdings auch ein, dass es sich um ein zwischen 1703 und 1707 in Arnstadt entstandenes Frühwerk handeln könne oder um eine später aufgeschriebene freie Improvisation Bachs, wie sie als Beweis spontanen spieltechnischen und musikalischen Könnens auf der Orgel damals üblicherweise gefordert wurde. Nach drei rufartigen Motiven baut sich über einem Orgelpunkt ein verminderter Septakkord auf. Damit erklingt bereits das bestimmende musikalische Material, aus dem sich das gesamte Werk entwickelt. Als Arpeggio bildet er die formal gliedernde Grundlage zwischen schnellen und in hohem Maße virtuosen parallelen Bewegungen. Spannungsvolle Gegensätze ergeben sich aus tiefen dunklen Liegetönen und ins Extrem gesteigerten Läufen in den oberen Stimmen. Ein wichtiges formales Element des Werkes ist eine kaskadenartig von der Quinte zum Leitton herabstürzende unvollständige Tonleiter und eine aus der Geigenliteratur entnommene zweistimmige Satztechnik, auch Bariolagetechnik (frz.: bariolage = Abwechslung) genannt, in der liegenden oder repetierenden Tönen durch Lagenwechsel und dadurch Klangfarbenänderung eine weitere Stimme hinzugefügt wird. Auch in der Fuge verwendet Bach diese formale Technik. Er verzichtet in ihr deshalb auf Engführung der Stimmen und gestaltet diesen Teil mehr in einer freien Phantasie, deren Duktus durch eingefügte Zwischenspiele eine Auflockerung erfährt. Am Ende wird in einer Schlusssteigerung die improvisative Kraft der einleitenden Toccata nochmals aufgenommen.

'Toccata und Fuge in d-Moll' ist unzählige Male für nahezu alle Instrumentalbesetzungen bearbeitet worden. In einer kongenialen Adaption für großes sinfonisches Blasorchester hat Siegmund Goldhammer dieses Werk ungemein farbenreich instrumentiert, den Eindruck improvisierender Vehemenz noch gesteigert und ihm damit den Charakter einer großen romantischen und beseelten Orgel verliehen.